Al margen de la actividad económica, un zoo mantiene animales vivos en cautividad y desde este punto de vista debe cumplir con otras legislaciones que cubren el bienestar, la conservación y la garantía sanitaria de los animales.

La ley de zoos es la que legisla de forma específica a este sector. Además de contemplar aspectos tales como conservación, educación, seguridad o bienestar animal, esta ley exige que los zoos tras inspección realizada anualmente por la administración competente (Comunidades Autónomas) para comprobar que cumplen con lo establecido en esta ley, tienen que estar expresamente autorizados para continuar con su actividad. Sin lugar a dudas ésta es la Ley que garantiza de manera más clara que un zoo sea un lugar digno para los animales que acoge. Esta ley es consecuencia de una Directiva Comunitaria emanada desde Bruselas y en cuya redacción España participó a través del Ministerio de Medio Ambiente. Sin embargo la Ley que fue promulgada por el Ministerio de Medio Ambiente, debe ser aplicada por las Comunidades Autónomas que son quienes tienen las competencias en esta materia. Hasta la fecha las administraciones autonómicas poco o nada han hecho al respecto por lo que nos encontramos, una vez más, con un buen texto legal convertido en papel mojado que nadie cumple. Para complicar más las cosas y como muestra del muy escaso interés que los poderes públicos tienen en este tema, dentro de las Comunidades Autónomas tampoco está muy claro qué departamento asume la función de control de los zoos y así nos encontramos con que en unos lugares lo hace la Consejería de Medio Ambiente y en otros la de Agricultura.

Además los zoos deberán cumplir con los artículos que les afecten de las diferentes leyes de protección animal de las Comunidades Autónomas. Aunque estas leyes sólo detallan minuciosamente las condiciones de mantenimiento de animales de compañía, en algunas de ellas se hace referencia de forma muy genérica (alimentación apropiada, evitar actos de crueldad) al resto de animales, incluidos los silvestres. Las diferentes leyes de protección animal están disponibles en la página web del Ministerio de Agricultura (ganadería/ bienestar animal). Evidentemente al tratarse de leyes autonómicas, son las Comunidades Autónomas las encargadas de velar por su cumplimiento. Una vez más y en referencia a lo que pudiera afectar a los zoos, las administraciones autonómicas se inhiben y sus propias legislaciones son menospreciadas cuando no incumplidas en la impunidad más absoluta.

Los animales pueden convertirse en vectores de enfermedades y crisis sanitarias por lo que todos los zoos deben ser inspeccionados desde el punto de vista sanitario por los veterinarios de las diferentes Consejerías de Agricultura de las Comunidades Autónomas. A este efecto los zoos deben estar autorizados sanitariamente (y esta autorización no tiene nada que ver con la correspondiente a la ley de zoos) e inscritos en el REGA (Red General de Explotaciones Ganaderas) bajo el epígrafe "otros animales", tras comprobarse por los veterinarios oficiales que cumplen con lo establecido por la Ley de Sanidad Animal. Este texto legislativo puede consultarse en la página web del Ministerio de Agricultura (ganadería/ sanidad animal).

Además de este marco general, en el caso de que exista una crisis sanitaria, si el zoo mantiene animales susceptibles de ser afectados por esa enfermedad, deberá cumplir con la legislación puntual que la Red de Alerta Sanitaria Veterinaria (RASVE) genere para afrontar la crisis (como consecuencia de la gripe aviar, los zoos han tenido que reformar sus instalaciones para aves). Una vez más son las Comunidades Autónomas las encargadas de aplicar tanto los condicionantes del REGA como los del RASVE. En este caso y dado que en España siempre se ha concedido mucha más importancia a los aspectos puramente sanitarios frente a los de conservación o bienestar animal, los poderes públicos sanitarios de la administración regional han funcionado de forma mucho más eficaz que los medioambientales y de hecho los listados e información tanto del REGA como del RASVE son más fiables que los elaborados por las autoridades regionales medioambientales.

Además muchos de los animales que se exhiben en los zoos pueden resultar peligrosos para el ser humano por lo que los zoos también deben cumplir con lo establecido por la ley 50/ 1999 sobre Régimen Jurídico de Tenencia de Animales Potencialmente Peligrosos (link a la ley). Las instalaciones que mantienen estos animales, deben estar debidamente registradas y los animales identificados individualmente. Esta ley también establece medidas generales sobre el transporte de estos animales. En el caso de que los animales peligrosos se mantengan de forma particular como mascotas, el propietario debe además obtener una autorización específica que le acredite como capacitado para su tenencia.